Der gebürtige Wiener Philipp Pointner erhielt seine Ausbildung am Konservatorium-Privatuniversität Wien und an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien in den Fächern Dirigieren, Korrepetition und Komposition. Nach dem Abschluss mit Auszeichnung war er ab 1994 Dirigent an der Cape Town Opera. Seither gastiert Philipp Pointner regelmäßig in Cape Town und Pretoria.
Sein weiterer Weg führte ihn an viele Stationen der deutschsprachigen Theaterlandschaft, so zum Beispiel nach Hamburg, Köln, Mannheim und Braunschweig, ferner nach Bern sowie nach Wien (Volksoper), Innsbruck und Graz. Pointner war Assistent von Sir Roger Norrington und Christian Thielemann. Er dirigiert regelmäßig an der Opera Vlaanderen, Belgien. Bis 2013 war er Erster Kapellmeister am Staatstheater Nürnberg. Im Bereich Ballett ist Philipp Pointner seit 2015 Gast des Königlichen Balletts Flandern/Belgien.
Pointner leitete und leitet viele namhafte Orchester wie das RSO Wien, das Tonkünstler-Orchester Niederösterreich, die Staatsphilharmonie Nürnberg, das WDR-Rundfunkorchester Köln, das Philharmonische Orchester Oviedo/Spanien, das Staatsorchester Braunschweig, die Staatsphilharmonie Brandenburg, die Bayerische Kammerphilharmonie, das Württembergische Kammerorchester Heilbronn, die Staatsphilharmonie Temesvar/Rumänien, die Staatsphilharmonie Cluj/Rumänien, die Nürnberger Symphoniker, die Hofer Symphoniker, die Brandenburger Symphoniker wie auch das Georgische Kammerorchester Ingolstadt.