Gudni A. Emilsson erhielt bereits im Alter von vier Jahren den ersten Musikunterricht bei seinem Vater. Als Stipendiat des Staates Island absolvierte er sein Klavier- und Dirigierstudium an der Staatlichen Hochschule für Musik Trossingen. 

Er wurde vom Deutschen Musikrat ausgezeichnet und ausgewählt, am Gewandhaus Leipzig zu dirigieren und gewann internationale Preise bei Wettbewerben, erhielt Stipendien vom DAAD, der isländischen Stiftung LIND und der Richard Wagner Stiftung Bayreuth. 1994 war er Preisträger der Herbert von Karajan Stiftung Salzburg. 2002 wurde ihm der Masaryk-Künstlerpreis für innovative Programme und Projekte verliehen. 

Emilsson tritt als Gastdirigent regelmäßig mit bedeutenden Orchestern auf, beispielsweise dirigierte er bereits die Stuttgarter Philharmoniker, das Island Sinfonieorchester, das Staatsorchester Thessaloniki, das Tonkünstlerorchester Wien, die Belgrader Philharmonie, die Nordwestdeutsche Philharmonie, das Czech Philharmonic Chamber Orchestra, die Philharmonie Pilsen, die Mährische Philharmonie, das Stuttgarter Kammerorchester und das Orchester dell´Arena di Verona. 

Er konzertiert mit bedeutenden Solisten wie Josef Suk, Emmanuel Pahud, Reinhold Friedrich, Dimitri Ashkenazy, Sergei Nakariakov, Shlomo Mintz, Bernd Glemser und Misha Maisky. Gudni A. 

Emilsson war von 2000 bis 2004 Chefdirigent des Suk Kammerorchesters Prag, mit dem er beim Festival »Prager Frühling« gastierte. Seit 1999 ist er künstlerischer Leiter des Tübinger Kammerorchesters. Außerdem ist er künstlerischer Leiter der Camerata Bohemica Prag und wurde 2005 mit Unterstützung der thailändischen Regierung und des Goethe Instituts zum Chefdirigenten des neugegründeten Thailand Philharmonic Orchestra in Bangkok ernannt. 

Zugleich ist Emilsson Kulturreferent der Museumsgesellschaft Tübingen e. V. und Leiter des Kulturreferats der Eberhard-Karls-Universität Tübingen. Im Jahr 2016 debütierte Emilsson mit dem Royal Philharmonic Orchestra London.